[Cell Tracking] 세포 추적 모델 모음

 

Cell Tracking에 대한 과제를 부여 받아서 수행하고 있다.

쉽지 않지만, 가볍게 공부한다는 마음 가짐으로 시작했다.

 

Check point

• 입력 : 세포 영상(분열, 합쳐짐, 이동)
• 각 세포에 대한 segmentation을 수행할 것
• 각 세포에 대한 tracking을 수행하여 id를 각기 부여할 것
• 분열, 합쳐짐, 이동 정보를 잡아낼 것
• 분열과 합쳐짐의 경우 부모 세포 정보를 기억할 것

이러한 과업을 해결하기 위해 관련 모델을 탐색했고, github에서 몇 가지를 찾을 수 있었다.

 

 

관련 모델

Cell-ACDC (fork 19, star 105)

https://github.com/SchmollerLab/Cell_ACDC?tab=readme-ov-file

GitHub - SchmollerLab/Cell_ACDC: A Python GUI-based framework for segmentation, tracking and cell cycle annotations of microscop

 

btrack (fork 47, star 282)

- 윈도우에서 실행시 에러 발생

https://github.com/quantumjot/btrack

GitHub - quantumjot/btrack: Bayesian multi-object tracking

 

ultrack (fork 3, star 54)

https://github.com/royerlab/ultrack

GitHub - royerlab/ultrack: Cell tracking and segmentation software

 

cell-tracker-gnn (fork 7, star 55)

- 리눅스 환경에 최적화되어 있음

 

https://github.com/talbenha/cell-tracker-gnn?tab=readme-ov-file

GitHub - talbenha/cell-tracker-gnn: [ECCV 2022] Official PyTorch implementation of the paper - Graph Neural Network for Cell Tra

 

* 모델 탐색 방식

github, google에 cell-track 검색